Le secrétariat est chargé principalement du suivi et de l’évaluation des avancées du Burkina Faso en matière de Gouvernance dans le but de contribuer au respect des normes de convergence du MAEP par le Burkina Faso ; d’améliorer l’état de la gouvernance au Burkina Faso et accroitre l’efficacité de l’action publique. Dans cette optique, il a été assigné au Secrétariat permanent du MAEP de promouvoir la transparence de l’action publique, de faire le suivi évaluation de la mise en œuvre des recommandations du MAEP, de participer à toutes les instances et réunions de l’Union africaine, du MAEP, du NEPAD ainsi qu’à toutes les rencontres internationales en relation avec la gouvernance, de sensibiliser de façon permanent la population sur la bonne gouvernance et la citoyenneté.
Il est structuré comme suit :
Le cabinet du secrétaire permanent
Un département de la gouvernance démocratique et politique
Un département de la gouvernance économique
Un département de l’administration et des finances
De la communication, des relations publiques et de l’informatique